之前用SAM4S的开发板，自带晶振是12M的，调用sysclk_init()函数初始化系统时钟，什么都不用修改，计时器可以按设定时间正常工作。新做的板子换了4M晶振，然后根据文章：SAM4S：抽丝剥茧大话时钟之用ASF设置时钟频率，修改了时钟频率设置，发现定时频率并不是我设想的1ms，而是3ms，刚好差了三倍，和外部晶振的差异相同！
按这个说明，改为内部12M晶振，倍频20倍，分频2的时候，计时又正常了！可以看出，之前MCU明显是把4M时钟当12M的使用了。所以，我们需要从初始设置系统时钟的地方修改起。
回头看看sysclk_init()函数，抛开前面的一堆宏定义，最后有个调用:
这个才是初始化系统时钟函数。进入函数，直接跳到PMC_MCKR_CSS_PLLA_CLK这一个选项，看到这里的判断PMC->CKGR_MOR，这是时钟模式选择，在pll_enable_source()函数中调用的(多层调用才可以看到)。一路追踪下去，可以判断这个条件是为真的，所以系统时钟 SystemCoreClock 这个关键值等于 CHIP_FREQ_XTAL!
再看CHIP_FREQ_XTAL的定义，如果没有定义CHIP_FREQ_XTAL，就默认是12M，一查，没有定义！所以，在晶振为4M的时候，MCU默认当成了12M，至此，问题才找到。修改有两种方法，定义CHIP_FREQ_XTAL为4M或者直接把CHIP_FREQ_XTAL_12M的值改为4000000UL。
但是，问题到这里还没完事。这只是把系统运行时间和SystemCoreClock这个全局变量的值修改的符合计算值，还有些地方需要修正。比如延时函数初始化，我用的是函数sysclk_get_cpu_hz()的返回值，一路查询下去，发现这个返回值返回的是BOARD_FREQ_MAINCK_XTAL：
同样，把这个12M改为4M即可。
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